11日に公開された Mac OS X 10.5.2 アップデートで、ようやく SUID ファイル警告の問題が解消されました。
ただ、私の環境では「ACL は見つかりましたが、“XXX”上にあるはずではありません。」表示は残ったままです。（参考までに以下にコピペしておきますね）
“Macintosh HD”のアクセス権を検証中
ACL は見つかりましたが、“Applications/Utilities”上にあるはずではありません。
ACL は見つかりましたが、“Applications”上にあるはずではありません。
ACL は見つかりましたが、“Library”上にあるはずではありません。アクセス権の検証が完了しました
SUID 問題もそうでしたが、Apple が公式に発表しているように、上記の ACL 表示も「（解消されないが）問題なし」とのことです。 Terminal を使って、手動で解消することも可能なようですので、どうしてもディスクユーティリティから上記表示を抹消したいかたはお試しあれ。